Output vcf#1

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Nara88 wants to merge 11 commits intoAlgoLab:masterfrom

Nara88:output-vcf

Commits on May 17, 2016

inserito lo script python che a partire da un file di allineamenti e un file di annotazioni su SNPs restituisce calcola alcune statistiche.
ddcatania
committed
Inserimento script per conversione BAM to WIF. Da completare!
ddcatania
committed

Commits on May 18, 2016

qualche correzione ai log
ddcatania
committed
qualche correzione ai log
ddcatania
committed
Aggiunta possibilità di decidere in fase di esecuzione dello script il delimitatore dei campi dei file di annotazione e lo skip della prima riga
ddcatania
committed

Commits on May 22, 2016

fix sui log
ddcatania
committed

Commits on Jun 13, 2016

nuova versione. Carica in memoria la mappa di SNPs, la scorre e per ogni read allineato allo snp controlla se questo si allinea con l'allele di maggioranza, di minoranza o altro.
ddcatania
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Commits on Jun 21, 2016

Calcola i due alleli con maggior frequenza e secondo una certa soglia 'epsilon' classifica gli SNP in omozigote o eterozigote
ddcatania
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Commits on Sep 29, 2016

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Nara88
authored

Commits on Oct 2, 2016