feat: checkpoint 时间线 + 按 run 快照备份 + 选择性回退

[kebold]

功能概述

• 每次 apply 创建 post-state 检查点（graph.checkpoint..json）和按 run 的 pre-state 备份（graph.json.bak.），取代旧的单次覆盖备份，可精确撤销单次 refine
• rollback --list 显示线性时间线（含 refined/pending 状态列）；--list --by-query 按 query 分组显示版本链
• rollback 回退到某检查点并把后续 query 标记重置为 pending
• rollback --query 精确撤销某 query 的最后一次 refine（按 run 备份或前一检查点），不影响其他 refine
• apply 后把已 refine 的 query 在 history 标记为完成（无记录时自动追加）
• history mark_refined 返回变更数；iter_history 支持 BOM

设计要点

• 检查点 = post-state 完整图快照（线性时间线，永不覆盖/删除），支持多版本对比
• per-run 备份 = pre-state（graph.json.bak.），与 post-state 检查点配对，实现单次 refine 的精确撤销
• rollback 是纯图状态切换 + query 标记重置，不删除任何检查点文件

测试

• test_opencode_integration.py 新增 PYTHONPATH 修复
• 全链路 30 passed（含上游 wiki refresh 测试）